《塞尔达传说：智慧的再现》讲述的是海拉鲁各地出现不明裂缝，并引发将人与物体吞没的神隐现象，林克也因神隐而下落不明。为了拯救居民们与林克，塞尔达公主踏上了海拉鲁冒险之旅。
《塞尔达传说：智慧的再现》主角是塞尔达公主，她与妖精托力携手，凭借不可思议的魔杖“托力之杖”，踏上了拯救人民与林克的旅程。海拉鲁大陆物产丰饶，有众多居民居住，但有些地区似乎因为裂缝的出现而陷入困境。